DNA证据 一项研究声称已发现食物来源DNA的证据

根据今天(10月29日)在 PLOS ONE上发表的一项研究，

来自不同物种(包括细菌，植物和人类)的DNA几乎污染了通过下一代测序仪发送的每一个样本。

DNA污染是一个已知的问题，通过使用当今的超敏感工具和技术来阐明，这些工具和技术甚至可以检测，扩增和测序核酸的单个分子。这项最新分析发现，污染程度与样本的起始浓度呈负相关，表明空白控制可能还不够，并且最近的一项研究声称已发现食物来源DNA的证据。人体血液可能是污染的结果。

连同最近关于DNA污染广泛性的其他文献，这项研究表明这些真正令人大笑的文章告诉我们，在所有事物中都存在外来序列 - 我们的核酸是我们与之交互的所有事物的混合物。环境 - 他们很可能夸大了这一点， 约翰霍普金斯大学医学院的分子生物学家Ken Witwer表示，他没有参与这项工作。

我相信下一代测序实验中可能存在的DNA污染问题是一个非常相关的问题，可以解释各种意想不到的结果， 华盛顿西雅图系统生物学研究所主席Leroy Hood同意测序先驱 电子邮件。在这些实验中必须采取适当的预防措施。

密歇根大学的 遗传学家理查德拉斯克(Richard Lusk)在被要求回顾一项据称记录了人类血液中食物来源DNA存在的研究时，开始对DNA污染的后果感兴趣。他当时提出了对可能受到污染的担忧，但最终得知该研究已被接受在PLOS ONE上发表。

我认为这可能是一篇令很多人感到震惊的论文。。。并且它似乎不正确，Lusk告诉科学家。所以他开始展示他认为对结果更为简单的解释。

他首先确定了四个可能被认为是干净DNA信息的数据集，例如从单独洗涤的细胞中获得的信息。在每一个中，他都仔细分析了报告的序列，发现DNA污染很猖獗，分子来源于数据中出现的各种生物。虽然从空白样品制备的阴性对照文库 - 空Eppendorf管处理与含有真实样品的那些相同 - 确实能够回收最常见的污染物(意味着它们可用于消除测试样品中的匹配序列)，但通常错过了对照低频污染物。起始浓度低的样品最容易受到污染，因为它们需要更大的扩增。

为了具体测试他的理论，即他所评论的PLOS ONE结果可以通过污染来解释，Lusk选择了数据集，我几乎可以将其与食物无关，他说。果然，在每个数据集中，我可以找到与[ PLOS ONE ]的作者发现的相同[序列] ，Lusk指出。对他来说，这是他一直在寻找的确认：对于结果的另一种解释是指人体血液中存在食物来源的DNA。

该论文的主要作者，现在在波士顿Dana-Farber癌症研究所的SándorSpisák，支持他的团队的结果。外国分子的存在不足以得出结论或预测它们的来源，他在一封电子邮件中对科学家说。与相对无菌的实验室环境相比，我们的胃肠道不断处理大量的外来DNA，离血管只有几微米，不能排除液体交换，特别是在炎症的情况下。此外，他的团队最近Spisák补充说，确定了一种可能的机制，通过这种机制，食物来源的DNA可以进入血液。根据我们的结果，这是一个更复杂的问题。

挪威北极大学的微生物遗传学家Kaare Magne Nielsen没有参与这两项研究，他们同意像DNA片段这样的大分子可以从肠道传播到血液中。他指出，在小鼠和其他哺乳动物中进行的研究表明，摄入食物的时间与动物血液中的食物来源核酸之间存在时间关系。我认为有相当多的证据表明食物来源的DNA进入血液，他说。然而，他补充说，我可能对全长DNA [这样做]的程度持怀疑态度，并且可能需要将污染视为Spisák小组在人血液中发现的一些较长序列的可能解释。

需要额外的工作来确认或拒绝Spisák的结果，但Lusk的研究强调了围绕DNA污染的更广泛的担忧，随着技术的改进，这种担忧才会变得更加明显。

我们很高兴其他研究人员将注意力转向这种现象，我们的工作被用作他们分析的来源，斯皮萨克说。在任何实验中，尤其是涉及NGS [下一代测序]等相对较新的方法时，识别可能的伪像并将信号与噪声正确分离是非常重要的。

Witwer表示，运行重复样品很重要，因为它是精心的实验设计。无论感兴趣的样品浓度如何，都会出现污染物。这提高了进行稀释实验的可能性，这可能有助于您将污染背景与真实信号分开。

Lusk说，无论研究人员进行高通量测序如何选择控制他们的实验，最重要的是要清楚地意识到这个问题。这是一项非常强大的技术，他说。足够强大，能够检测到实际上并非原样在样本中的东西。