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DNA证据 一项研究声称已发现食物来源DNA的证据

来源:男性资讯 时间:2019-07-20 17:16:54 点击:

根据今天(10月29日)在 PLOS ONE上发表的一项研究,

来自不同物种(包括细菌,植物和人类)的DNA几乎污染了通过下一代测序仪发送的每一个样本。

DNA污染是一个已知的问题,通过使用当今的超敏感工具和技术来阐明,这些工具和技术甚至可以检测,扩增和测序核酸的单个分子。这项最新分析发现,污染程度与样本的起始浓度呈负相关,表明空白控制可能还不够,并且最近的一项研究声称已发现食物来源DNA的证据。人体血液可能是污染的结果。

连同最近关于DNA污染广泛性的其他文献,这项研究表明这些真正令人大笑的文章告诉我们,在所有事物中都存在外来序列 - 我们的核酸是我们与之交互的所有事物的混合物。环境 - 他们很可能夸大了这一点, 约翰霍普金斯大学医学院的分子生物学家Ken Witwer表示,他没有参与这项工作。

我相信下一代测序实验中可能存在的DNA污染问题是一个非常相关的问题,可以解释各种意想不到的结果, 华盛顿西雅图系统生物学研究所主席Leroy Hood同意测序先驱 电子邮件。在这些实验中必须采取适当的预防措施。

密歇根大学的 遗传学家理查德拉斯克(Richard Lusk)在被要求回顾一项据称记录了人类血液中食物来源DNA存在的研究时,开始对DNA污染的后果感兴趣。他当时提出了对可能受到污染的担忧,但最终得知该研究已被接受在PLOS ONE上发表。

我认为这可能是一篇令很多人感到震惊的论文。。。并且它似乎不正确,Lusk告诉科学家。所以他开始展示他认为对结果更为简单的解释。

他首先确定了四个可能被认为是干净DNA信息的数据集,例如从单独洗涤的细胞中获得的信息。在每一个中,他都仔细分析了报告的序列,发现DNA污染很猖獗,分子来源于数据中出现的各种生物。虽然从空白样品制备的阴性对照文库 - 空Eppendorf管处理与含有真实样品的那些相同 - 确实能够回收最常见的污染物(意味着它们可用于消除测试样品中的匹配序列),但通常错过了对照低频污染物。起始浓度低的样品最容易受到污染,因为它们需要更大的扩增。

为了具体测试他的理论,即他所评论的PLOS ONE结果可以通过污染来解释,Lusk选择了数据集,我几乎可以将其与食物无关,他说。果然,在每个数据集中,我可以找到与[ PLOS ONE ]的作者发现的相同[序列] ,Lusk指出。对他来说,这是他一直在寻找的确认:对于结果的另一种解释是指人体血液中存在食物来源的DNA。

该论文的主要作者,现在在波士顿Dana-Farber癌症研究所的SándorSpisák,支持他的团队的结果。外国分子的存在不足以得出结论或预测它们的来源,他在一封电子邮件中对科学家说。与相对无菌的实验室环境相比,我们的胃肠道不断处理大量的外来DNA,离血管只有几微米,不能排除液体交换,特别是在炎症的情况下。此外,他的团队最近Spisák补充说,确定了一种可能的机制,通过这种机制,食物来源的DNA可以进入血液。根据我们的结果,这是一个更复杂的问题。

挪威北极大学的微生物遗传学家Kaare Magne Nielsen没有参与这两项研究,他们同意像DNA片段这样的大分子可以从肠道传播到血液中。他指出,在小鼠和其他哺乳动物中进行的研究表明,摄入食物的时间与动物血液中的食物来源核酸之间存在时间关系。我认为有相当多的证据表明食物来源的DNA进入血液,他说。然而,他补充说,我可能对全长DNA [这样做]的程度持怀疑态度,并且可能需要将污染视为Spisák小组在人血液中发现的一些较长序列的可能解释。

需要额外的工作来确认或拒绝Spisák的结果,但Lusk的研究强调了围绕DNA污染的更广泛的担忧,随着技术的改进,这种担忧才会变得更加明显。

我们很高兴其他研究人员将注意力转向这种现象,我们的工作被用作他们分析的来源,斯皮萨克说。在任何实验中,尤其是涉及NGS [下一代测序]等相对较新的方法时,识别可能的伪像并将信号与噪声正确分离是非常重要的。

Witwer表示,运行重复样品很重要,因为它是精心的实验设计。无论感兴趣的样品浓度如何,都会出现污染物。这提高了进行稀释实验的可能性,这可能有助于您将污染背景与真实信号分开。

Lusk说,无论研究人员进行高通量测序如何选择控制他们的实验,最重要的是要清楚地意识到这个问题。这是一项非常强大的技术,他说。足够强大,能够检测到实际上并非原样在样本中的东西。

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